L'Institut d'études européennes constitue la structure de recherche du Centre d'Excellence sur l'Union européenne. Doté d'une respectabilité scientifique bien établie, il crée et renforce, par le biais de ses séminaires, colloques, cycles de conférences, tables rondes et subventions, une synergie entre les chercheurs des institutions universitaires québécoises dont les travaux portent sur l'Europe.

Le programme de recherche de l'IEE s'articule essentiellement mais non exclusivement autour des quatre grands axes suivants :

• Les relations extérieures de l'Union européenne et liens transatlantiques 
• Europe sociale, gouvernance et démocratie
• Immigration, diversité et multiculturalisme 
• Consolidation et processus d'unification juridique et institutionnel

Chaque pôle thématique est confié à un chef de file :

Frédéric Mérand (UdeM-Science politique) est en charge de l'axe «Relations extérieures de l'Union européenne et liens transatlantiques».

Axel van den Berg (McGill-Sociologie) est en charge de l'axe «Europe sociale, gouvernance et démocratie».

Éléonore Lépinard (UdeM-Science politique) est en charge de l'axe «Immigration, diversité et multiculturalisme».

Helge Dedek (McGill-Droit) est en charge de l'axe «Consolidation et processus d'unification juridique et institutionnel».